明朝末期，朝廷财政亏空极为严重，造成这种局面的其实是多种因素综合导致的结果。我认为，明朝末期税制改革失败是主要原因，此外天灾人祸不断，土地兼并严重，特权阶级“合理避税”同样是导致这一局面的重要因素。
税制改革失败是主要原因
明朝由于实行重农抑商国策的原因，农业税的确成为了朝廷财政的支柱。例如到隆庆四年（1570年）左右，朝廷每年的财政收入约为3078万两，但其中的农业税却高达81%，工商杂税只占到了12%。进入嘉靖末年，朝廷财政拮据的情况已经出现，此后朝廷虽然多次进行了税制改革，但又因各种原因先后三次被废。
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1、张居正去世，税制改革一次失败。万历初年，张居正主持改革，而税收方面的改革重点就是“一条鞭法”。“一条鞭法”的效果是明显的，朝廷财政收入明显增加，国库积银达六七百万两之多，储备的粮食多达1300多万石，足够支用十年。但这却触动了相当数量的官僚、缙绅和既得利益者的利益，因此很自然地遭遇到了保守派的强烈对抗。在张居正去世之后，张派开始遭受清算和打压，此次改革宣布失败。
2、万历皇帝去世，税制改革二次失败。张居正的税收制度被废后，万历皇帝明显感觉到了国库的紧张，因此又开始通过向各地征收矿税的方式，增加国库收入，这部分收入主要用在了支持边镇用度方面。不过虽然内库属于皇帝的私房钱，但其收支仍然受户部干预和管理，因此万历的这种做法被称为了所谓的“贪财”，而事实上万历三大征所用的钱，大部分都是由内库支撑的。在红丸案、移宫案之后，东林党开始在万历死后再次把持朝政，掌权后的他们立即废除了万历制定的税制，使得国库再次开始紧张。
3、魏忠贤去世，税制改革三次失败。天启年间，由于辽东战事吃紧，空虚的国库根本无法应对巨大的支出，于是魏忠贤掌权后，开始再次着力推进税制改革，他的做法是加大工商税的征收，并派遣镇守太监对税收情况进行监督。使得国库开始再度充足起来，但这却加剧了阉党和东林党的冲突。天启皇帝死后，在崇祯皇帝支持下魏忠贤迅速道台，东林党再次掌权，于是工商税再度被废。至于辽东的战事，则是怎么省钱怎么来，再加上各层将领的盘剥，导致辽东缺饷越来越严重，最终激起兵变。
三次税收改革虽然侧重点不同，但其实都一定程度上解决了朝廷用度紧张的问题，但最终都在代表士绅利益的文官，尤其是东林党人的抵制下已失败告终。
土地兼并严重，特权阶级的合理避税
既然朝廷以农业税为主，那么前中期的农业税都能够支撑朝廷用度，为何到了明末时期农业税却无法满足朝廷的支出了呢？我认为主要就出在了土地兼并严重和特权阶级合理避税两点上。
1、土地兼并极为严重。明末时期，由于朝政的整体腐败，民间土地兼并情况已经到了泛滥的地步。皇室宗亲、各级官员与民争利，他们通过利用手中的权力或掌握的财富，大量侵占官地和民间私田，甚至连太监、勋戚也通过“乞请”和接受“投献”等方式霸占大片土地，导致全国大部分土地都落入了这些利益阶层手中。
2、特权阶级的合理避税。然而就是这些掌握着全国大部分土地的利益阶层，他们却又拥有另一项特权，那就是根据明朝的律法规定，举人（及以上功名）、僧侣、皇室宗亲等阶层是可以不纳税的。这也是为何普通百姓和无功名的地主会用“投献”的方式，将自己土地挂在特权阶层名下的原因。
综上所述，特权阶层通过各种方式将全国大部分土地掌握在了自己手中，而他们又可以利用制度漏洞来不用纳税，朝廷的收入怎么可能不减少。
天灾人祸不断
从17世纪开始，即万历后期开始，明朝开始进入小冰河时期，气候发生严重变化，北方风沙日益严重、旱灾逐年增多，农业收成锐减。
与此同时，中原地区气温的骤降和降雨量的减少也达到了秦汉以来的历史最低点，整个明朝末期可以说灾害不断，旱灾、寒流、蝗灾、水灾、鼠疫、瘟疫等灾害此起彼伏，这些都严重影响了以土地为生的底层农民的生存。
各种自然灾害的持续爆发，导致土地铲除急剧下降，这不仅导致以农业为主的北方百姓生活极为困苦，自然也严重影响到了朝廷的收入。如果这种现象在盛世，朝廷或许还有能力应对，但却恰恰出现在了明朝末期，这简直就是灾难性的。
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